膜污染发展进程可分为两个阶段：
初期污染：
其污染方式包括黏附、电荷作用、孔内堵塞等，发现即使在通量为零的条件下或颗粒物沉积之前，胶体和有机物也会发生被动吸附，但在过滤开始后，在错流运行的情况下，生物凝聚体等大分子会在剪切力和扰动力的作用下脱离膜表面，仅留下较小的生物絮体或胞外聚合物。靠近膜表面的细小微生物则停留在膜表面或者透过膜表面通过浓缩、结晶、沉淀及生长等作用使膜孔产生不同程度的堵塞，造成膜污染。
长期污染：
当膜组件局部的吸附层增加到一定程度时，局部的跨膜压差超过了临界压力而进入了超临界区，导致膜污染从量变到质变的变化。在进入超临界区的局部膜表面，混合液中的生物絮体迅速地积聚在膜表面，并引发了整个膜组件各处滤饼层的快速形成，这样就引起了整个膜组件的平均跨膜压差迅速线性增加。
杂物对膜的影响：
在清洗膜的时候，会注意到这样的一个现象，膜丝上缠有大量的毛发、曝气蓬头等杂物，不但影响膜通量和膜丝的安全，而且不能用机械清除，只能人工清除，对膜的维护清洗造成了很大的困难。污泥性质对膜的影响膜生物反应器运行过程中，膜污染物质来源于污泥混合液，其成分主要包括微生物菌群及其代谢产物，废水中的有机大分子、小分子，溶解性物质和固体颗粒。上述物质对膜通量产生很大影响。由于膜的截留作用，反应器内污泥具有较高的污泥浓度和污泥停留时间。随着污泥浓度的增加，活性污泥更容易在膜表面沉积，从而加快了膜污染速度，导致膜过滤阻力增加，进而降低了膜通量；同时，污泥浓度升高，污泥粘度也随之升高，膜通量也会减小；再者，反应器内污泥浓度过高，还会造成污水粘度增大，影响氧气的传质效率。因此要对反应器内污泥浓度进行严格控制，污泥浓度过高或者过低都会对出水水质产生不利影响。
曝气量对膜的影响：
曝气量对于生物处理工艺是非常重要条件，因为它影响了微生物的生长，但是对于MBR膜处理工艺来说，曝气的生物作用是很小的，它更大的意义是利用空气差，给予膜箱机械动力，从而抖动膜丝，清除膜丝间堆积的污泥。当吹扫膜空气量不足时，使得膜丝间的污泥堆积，膜通量下降，从而造成了膜污堵。
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