在使用MBR膜系统时，要特别注意污水的前处理。污水进入MBR膜前，应安装2mm以下的格栅。对油脂较多的厨房排水，还应安装高效隔油设施。禁止无化粪池处理过的综合生活污水直接进入MBR系统。
质量好的活性污泥呈深褐色。在反应器中污泥变为黑色通常意味着腐败的开始，黑色污泥往往放出硫化氢的气味，这是由于曝气相对不足所致，可采取如下措施：暂停出水或增加曝气量。
维持反应器长期稳定运行的主要控制条件：
① 保持生物反应器内良好的水力循环条件，为维持MBR膜面良好的水力冲刷作用，应适当增加曝气量。
② 做好反应器的启动运行工作。可提高接种污泥的浓度，待生物反应器运行基本稳定后再开始MBR膜分离的运行。
③ 注意MBR膜的日常维护。可采取空曝气、在线药洗等一些简单的手段来减缓MBR膜过滤阻力的增长速度，延长MBR膜运行时间。
保持操作条件的稳定。操作条件的经常变化会促进MBR膜的堵塞过程，加速MBR膜的污染。
当严重影响出水水质时，可采取如下措施：
① 加消泡剂(确保消泡剂不会损害MBR膜的情况下才可使用)；
② 喷水去除；
③ 增加反应器污泥浓度，这是最简单和最有效的补救措施。
如果泡沬反复出现，应通过原水将洗涤剂去除一部分才能解决泡沬问题。当洗涤剂含量超过40mg/L时对生物的处理是有害的。
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